D'après ce que j'ai compris, le problème se passe uniquement de Windows vers Unix/Linux. Normalement, les fichiers de phpBB sont encodés au format Unix. Toutefois, lorsqu'on s'amuse à les éditer avec un logiciel comme Dreamweaver et qu'on sauvegarde les modifications, l'encodage des "EOL" a été modifié.
P.S: EOF=End Of File ;P .
Edit : La preuve. J'ai utilisé un petit soft qui s'appelle Editpad Lite (qui ne modifie pas les EOL) pour éditer des fichiers provenant d'une copie "saine" de phpBB et le portal que j'ai installé aujourd'hui fonctionne comme par magie

.
http://www.clan-uk.com/phpBB2/portal.php